21世紀(jì),超能力者持續(xù)增加。他們活躍在軍事、外交、經(jīng)濟等各種領(lǐng)域,掌握國際競爭的關(guān)鍵。超能度4以上的約占全體市民的百分之三。其中,日本國內(nèi)等級最高的超能力者,是屬于日本超能力支援研究局,通稱B.A.B.E.L(巴貝爾)底下的『超能少女組』,這個隊伍是由超能度7的明石薰、野上葵、三宮紫穗三名少女所組成。
在不久的未來,超能力者成為了理所當(dāng)然的存在,但是他們和普通人之間有著一定的摩擦和矛盾。年輕的天才科學(xué)家皆本光一監(jiān)視這個三名擁有最強超能力「7」的少女,即薰、葵和紫穗。然而,這三人雖然可愛但是性格有些問題……
她們的存在相當(dāng)危險,如果教育得當(dāng),她們將會為日本的未來帶來龐大的利益,但若她們與普通人敵對,則將無人能夠阻止。因此,她們的現(xiàn)場指揮主任皆本光一的職責(zé)就是,將她們導(dǎo)向正確的方向,并且避免預(yù)言中將會爆發(fā)的「普通人與超能力者的最終戰(zhàn)爭」。然而,皆本是否能導(dǎo)正她們,及時阻止預(yù)知的戰(zhàn)爭爆發(fā)呢?